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これまで、tableタグ内で thead要素を固定してtbody要素をスクロール可能にするために、
table要素の外側の要素の高さを固定してposition:relative、overflow:autoと指定して、下記のような自作の簡易jQueryプラグインを使用していました。

実際のデモ

HTMLとCSS

<div class="table-container">
  <table>
    <thead>
      <tr>
        <th>カラム1</th>
        <th>カラム2</th>
        <th>カラム3</th>
        <th>カラム4</th>
        <th>カラム5</th>
      </tr>
    </thead>
    <tbody>
      <tr>
        <td>カラムデータ1</td>
        <td>カラムデータ2</td>
        <td>カラムデータ3</td>
        <td>カラムデータ4</td>
        <td>カラムデータ5</td>
      </tr>
       ...
       ...
    </tbody>
  </table>
</div>
<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.12.4/jquery.min.js"></script>
<script src="./jquery.headerFixedTable.js"></script>
<script type="text/javascript"><!--
(function($) {
  $('.table-container').headFixed();
})(jQuery);
//--></script>

.table-container {
  position: relative;
  overflow: auto;
  height: 100px;
  width: 80%;
  border: 1px solid #ccc;
}
.table-container table {
  width: 100%;
  border-collapse: collapse;
}
.table-container table > thead {
  background-color: #eee;
}
.table-container table > thead th {
  border-bottom: 2px solid #ccc !important;
}
.table-container table > tbody {
  background-color: white;
}
.table-container table tr > * {
  text-align: left;
  border-bottom: 1px solid #ccc;
}
.table-container table > tbody > tr:last-child > * {
  border-bottom: none !important;
}

jQueryのプラグインは適当に作成。汎用性はなし。

/******************************************************************************
  thead固定テーブル
  require following... 
     <div class="table-wrap" style="position: relative;">
       <table>
         <thead>...</thead>
         <tbody>...</tbody>
       </table>
     </div>
     <script type="text/javascript">
        (function($) {
           $('.table-wrap').headFixed();
        })(jQuery);
     </script>

 要点としては、table要素を複製して、複製したテーブルはtheadだけを、元のテーブルはtbodyのみを表示するようにする。
 その際 displayプロパティにすると元table,複製tableの各々カラム幅が揃わなくなるので、
 display: none ではなく、visibility:hiddenを適用する。
******************************************************************************/
(function($) {
  $.fn.headFixed = function()
  {
    return this.each(function() {
      var $table = $(this).find('table:first');

      var $wrapElement = 
        $('<div>')
        .css({'position': 'absolute','top': 0,'left':0,'width': $table.outerWidth(),'overflow':'hidden'})
        .height($table.find('thead').outerHeight());

      var $wrap = 
        $table
          .clone()
          .insertAfter($table)
          .wrap($wrapElement)
          .css('width','100%')
          .find('tbody')
          .css({'visiblity': 'hidden'})
          .end()
          .parent();

      $table
        .find('thead')
        .css({'z-index':10,'visibility': 'hidden'});

      $(this).on('scroll',function() {
        $wrap.css({'top':$(this).scrollTop()});
      });

      // ウィンドウのリサイズに追随
      $(window).resize(function() {
        $wrap.width($table.outerWidth());
      });
    });
  };
})(jQuery);

で、最近 display: sticky というのがあって便利だよ、というのを今更ながら知りまして、chrome,firefox用の画面にはこれを使うようしました。
MDNサイトで見ると「粘着位置指定要素 (stickily positioned element)」と言うそうで、要はイケてるサイトでよく見る、
下方スクロールしたら勝手にメニューなんかがページ上部に張り付く（固定される）挙動を簡単に実現できる CSSプロパティみたいです。

stickily positioned elementとは、 position の計算値が sticky である要素です。これは包含ブロックがフロールート (又はその中でスクロールするコンテナー) 内の指定されたしきい値 (例えば top に設定された auto 以外の値など) を達するまでは相対的な配置として扱われ、包含ブロックの反対の端が来るまでその位置に「粘着」するものとして扱われます。

これ読んでも、正直よく分かりません💦 すみません。

で、これをテーブルヘッダに利用しよう、というわけです。
ググると結構記事になっていて、要するに thead要素内の th要素に displya:sticky を指定して固定するようです。

実際のデモ

theadをstickyにするのが真っ当な感じですが、現在のブラウザのバージョンでは thead を固定することはできないみたい（無視される）。
それと、th要素をstickyで固定しても、th要素に適用されている border は固定されないみたいな挙動になる感じです（若干ずれてしまう？）

/* 実際のCSS */
.table-container {
  position: relative;
  overflow: auto;
  height: 100px;
  width: 80%;
  border: 1px solid #ccc;
}
.table-container table {
  width: 100%;
  border-collapse: collapse;
}
.table-container table > thead {
  background-color: #eee;
}
.table-container table > thead th {
  border-bottom: 2px solid #ccc !important;
  position: -webkit-sticky !important;
  position: sticky !important;
  z-index: 2 !important;
  top:0 !important;
}
.table-container table > tbody {
  background-color: white;
}
.table-container table tr > * {
  text-align: left;
  border-bottom: 1px solid #ccc;
}
.table-container table > tbody > tr:last-child > * {
  border-bottom: none !important;
}

HTMLはほとんど同じ 。最後のscript要素が要らないだけ。

<div class="table-container">
  <table>
    <thead>
      <tr>
        <th>カラム1</th>
        <th>カラム2</th>
        <th>カラム3</th>
        <th>カラム4</th>
        <th>カラム5</th>
      </tr>
    </thead>
    <tbody>
      <tr>
        <td>カラムデータ1</td>
        <td>カラムデータ2</td>
        <td>カラムデータ3</td>
        <td>カラムデータ4</td>
        <td>カラムデータ5</td>
      </tr>
       ...
       ...
    </tbody>
  </table>
</div>

ただし、Internet Explorerには全バージョンを通して非対応なので(display:stickyは単に無視される)、
かっこ悪いけどブラウザで判別し(navigator.userAgent)、IEの時のみjQueryプラグインを使用するように分岐するようにした。

たとえば、ウェブシステムで行をjavascriptで動的に増やしたり減らしたりするときは、行を追加したり削除したりする関数を一個作っておき、もしブラウザがIEなら 複製テーブル、複製元テーブル両方に行を追加したり、削除したり。なんにしてもメンドクサイが。
IEユーザーがいなくなれば、これも必要なくなるかなと。